粗糙集算法在预测RNA保守功能二级结构中的应用

来源期刊：东北大学学报(自然科学版)2008年第10期

论文作者：付昊月 张祥德 薛定宇

文章页码：1389 - 1392

关键词：RNA二级结构;粗糙集;REV应答元件;保守结构预测;HIV;Rosetta;

摘    要：提出了一种预测RNA保守功能二级结构的粗糙集算法.使用粗糙集工具Rosetta软件,在保守结构预测过程的数据挖掘模块中,应用经过整理和离散化的RNA备择碱基对数据生成规则确定出将要出现在同源RNA序列的保守二级结构中的碱基对.将此算法应用在对爱滋病病原体HIV病毒RNA中REV应答元件单元的保守二级结构预测的结果表明,与传统的非数据挖掘算法相比,使用了这种机器学习算法的粗糙集预测方法,使得保守功能结构与野生型结构更加相似,重要的功能结构分支更加清晰明确.